Misi
Melahirkan generasi pelajar yang bersahsiah tinggi selaras dengan tuntutan Islam, berbudaya ilmu, berketerampilan dan berkeupayaan mencapai kesejahteraan diri dan masyarakat selaras dengan falsafah pendidikan kebangsaan dan Wawasan 2020
Visi
Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Kota Kinabalu "sentiasa unggul"
