Latar belakang

Sekolah Menengah Agama Kota Kinabalu atau lebih dikenali sebagai SMKAKK ditubuhkan pada 1 Disember 1990 bersamaan dengan 15 Jamadil Akhir 1411. Ia merupakan sebuah sekolah agama di Kota Kinabalu. Penubuhan sekolah ini adalah hasil daripada hasrat Pengarah Pendidikan Sabah untuk menambahkan lagi bilangan sekolah agama di Sabah.

SMKAKK terletak di Bukit Padang. Bangunan asalnya ialah tapak Universiti Kebangsaan Malaysia cawangan Sabah yang ditubuhkan pada 1979. Kini UKMS berpindah ke Menggatal.Jarak SMKAKK dari bandar Kota Kinabalu ialah 4km.

Nama SMKAKK ini telah dipilih oleh pengetua pertamanya iaitu Ustaz Haidon Hadi Sapirin pada tahun 1990. Nama SMK Agama Kota Kinabalu bersempena nama bandar Kota Kinabalu yang merupakan lokasi sekolah ini.

Pendaftaran SMKAKK bermula pada 1 Januari 1991. Pelajar pertamanya ialah pelajar tingkatan satu(4 buah kelas) dan pelajar tingkatan empat(3 buah kelas) di mana jumlahnya seramai 205 orang. Penubuhan SMKAKK berteraskan Taqwa, Islam dan Ihsan.

Guru perintis SMKAKK seramai 12 orang iaitu terdiri daripada:

• Ustaz Haidon Hadi Sapirin ( Penegetua)
• Adenan Hussin ( Timbalan Pengetua)
• Mohd Rozaimi Abd Razak
• A. Ismail
• Anuar Jasimin
• Melih Bidin
• Mahyani Simih
• Azlan Sukir
• Ustaz Wan Jah Hasbullah
• Zaharah Bani Yamin
• Rosnani Harun
• Noor Husnah Abdullah
• Nasif Kasim(kerani)